چهار ویژگی پپتیدهای ضد میکروبی

این پپتیدهای ضد میکروبی در اصل از سیستم های دفاعی حشرات، پستانداران، دوزیستان و غیره مشتق شده اند و عمدتاً شامل چهار دسته می شوند:

1. سکروپین در اصل در لنف ایمنی سکروپیاموت وجود داشت که عمدتاً در سایر حشرات یافت می شود و پپتیدهای مشابه باکتری کش نیز در روده خوک یافت می شوند.آنها به طور معمول با یک منطقه N ترمینال قلیایی قوی و به دنبال یک قطعه آبگریز طولانی مشخص می شوند.

2. پپتیدهای ضد میکروبی Xenopus (ماگینین) از ماهیچه ها و معده قورباغه ها مشتق می شوند.ساختار پپتیدهای ضد میکروبی xenopus نیز به‌ویژه در محیط‌های آبگریز مارپیچ بود.پیکربندی آنتی پپتیدهای xenopus در لایه های لیپیدی توسط NMR فاز جامد نشاندار شده با N مورد مطالعه قرار گرفت.بر اساس جابجایی شیمیایی رزونانس آسیلامین، مارپیچ های آنتی پپتیدهای xenopus سطوح دولایه موازی بودند و می توانستند برای تشکیل یک قفس 13 میلی متری با ساختار مارپیچ دوره ای 30 میلی متری همگرا شوند.

3. پپتیدهای دفاعی دفنسین از پلی ماکروفاژهای خرگوش نوتروفیل پلیکاریوتی انسانی با لوبول کامل هسته ای و سلول های روده حیوانات مشتق شده اند.گروهی از پپتیدهای ضد میکروبی مشابه پپتیدهای دفاعی پستانداران از حشرات استخراج شدند که به آنها "پپتیدهای دفاعی حشرات" می‌گویند.برخلاف پپتیدهای دفاعی پستانداران، پپتیدهای دفاعی حشرات فقط در برابر باکتری های گرم مثبت فعال هستند.حتی پپتیدهای دفاع از حشرات حاوی شش باقیمانده Cys هستند، اما روش پیوند دی سولفیدی به یکدیگر متفاوت است.حالت اتصال پل دی سولفیدی درون مولکولی پپتیدهای ضد باکتری استخراج شده از مگس سرکه شبیه به پپتیدهای دفاعی گیاه بود.در شرایط کریستالی، پپتیدهای دفاعی به صورت دایمر ارائه می شوند.

4. تاکیپلسین از خرچنگ نعل اسبی به نام خرچنگ نعل اسبی گرفته می شود.مطالعات پیکربندی نشان می‌دهد که از یک پیکربندی ضد موازی تاشو B (3-8 موقعیت، 11-16 موقعیت) استفاده می‌کند.βزاویه به یکدیگر متصل می شود (8-11 موقعیت) و دو پیوند دی سولفید بین موقعیت های 7 و 12 و بین موقعیت های 3 و 16 ایجاد می شود.در این ساختار، اسید آمینه آبگریز در یک طرف صفحه قرار دارد و شش باقیمانده کاتیونی در دم مولکول ظاهر می شود، بنابراین ساختار نیز بیوفیلیک است.

نتیجه این است که تقریباً تمام پپتیدهای ضد میکروبی ماهیتی کاتیونی دارند، حتی اگر از نظر طول و ارتفاع متفاوت باشند.در انتهای بالا، چه به صورت آلفا-مارپیچ یاβساختار تاشو، دوتروپیک ویژگی مشترک است.